根据《关于全面严肃财经纪律 严格中央部门预算管理的通知》（财预〔2016〕126号）要求，受财务司委托，中心组建17个检查组，于11月28日至12月7日完成对25所直属高校、6家直属事业单位财经纪律执行情况的专项检查工作。
检查内容主要包括四个方面：一是部门预算编制情况；二是部门预算执行情况；三是单位内部财务管理情况；四是内控建设和内部监督检查情况。重点关注了2016年中央财政拨款项目预算执行情况、内部控制建设情况、非税收入上缴情况、公务卡结算执行情况、资产处置情况和人员编制、学生人数填报情况。
此次检查，对加快直属高校、直属单位2016年预算执行、推动内部控制建设起到了积极作用，对各单位树立财经纪律观念、进一步加强内部财务管理具有重要意义。